在建设工程施工合同履行过程中，经常出现发包人与承包人签订《以房抵工程款协议》，以达到以房屋抵付工程款的目的。针对建设工程施工合同履行过程中《以房抵工程款协议》的效力认定、以及发包人未能履行《以房抵工程款协议》，协议中约定的房屋抵偿工程款是否应计入发包人已付工程款中的问题进行如下简单的探讨。

首先，以物抵债，系债务清偿的方式之一，是当事人之间对于如何清偿债务作出的安排，故对以物抵债协议的效力、履行等问题的认定，应以尊重当事人的意思自治为基本原则。

 一般而言，除当事人明确约定外，当事人于债务清偿期届满后签订的以物抵债协议，并不以债权人现实地受领抵债物，或取得抵债物所有权、使用权等财产权利，为成立或生效要件。只要双方当事人的意思表示真实，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，以物抵债协议即为有效。

其次，当事人于债务清偿期届满后达成的以物抵债协议，可能构成债的更改，即成立新债务，同时消灭旧债务；亦可能属于新债清偿，即成立新债务，与旧债务并存。

基于保护债权的理念，债的更改一般需有当事人明确消灭旧债的合意，否则，当事人于债务清偿期届满后达成的以物抵债协议，性质一般应为新债清偿。

换而言之，债务清偿期届满后，债权人与债务人所签订的以物抵债协议，如未约定消灭原有的金钱给付债务，应认定系双方当事人另行增加一种清偿债务的履行方式，而非原金钱给付债务的消灭。

再次，所谓清偿，是指依照债之本旨实现债务内容的给付行为，其本意在于按约履行。若债务人未实际履行以物抵债协议，则债权人与债务人之间的旧债务并未消灭。

也就是说，在新债清偿，旧债务于新债务履行之前不消灭，旧债务和新债务处于衔接并存的状态；在新债务合法有效并得以履行完毕后，因完成了债务清偿义务，旧债务才归于消灭。

据此，发包人在抵偿房屋既未交付承包人实际占有使用，亦未办理所有权转移登记于承包人名下，发包人并未履行《以房抵工程款协议》约定的义务，协议中约定的房屋抵偿工程款不应计入发包人已付工程款，承包人对于该协议书约定的以房抵偿的相应工程款债权并未消灭，承包人有权继续向发包人主张工程款债权，且可一并主张发包人逾期支付工程款所产生的违约责任。

最后，当事人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务，这是合同履行所应遵循的基本原则，也是人民法院处理合同履行纠纷时所应秉承的基本理念。

据此，债务人于债务已届清偿期时，应依约按时足额清偿债务。在债权人与债务人达成以物抵债协议、新债务与旧债务并存时，确定债权人应通过主张新债务抑或旧债务履行以实现债权，亦应以此作为出发点和立足点。

若新债务届期不履行，致使以物抵债协议目的不能实现的，债权人有权请求债务人履行旧债务；而且该请求权的行使，并不以以物抵债协议无效、被撤销或者被解除为前提。

综上所述，《以房抵工程款协议》为当事人对欠付的工程款进行结算的约定，性质上属于发包人与承包人对既存债权债务关系的清理。

相较于建设工程施工合同，以房抵顶工程款协议具有相对的独立性，根据《中华人民共和国民法典》第五百六十七条(原为《中华人民共和国合同法》第九十八条，已废止)“合同的权利义务终止，不影响合同中结算和清理条款的效力”之规定背后的立法精神，应肯定《以房抵工程款协议》的效力。

同时，发包人在未履行《以房抵工程款协议》约定的义务的情况下，协议中约定的房屋抵偿工程款不应计入发包人已付工程款，承包人对于该协议书约定的以房抵顶的相应工程款债权并未消灭，承包人有权继续向发包人主张工程款债权。